引数付きのWaitForExitは，非同期イベント処理が完了していなくてもtrueを返して，抜けるときがあるので要注意． http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ty0d8k56.aspx

確実に非同期イベント処理の完了を待つためには，その後でさらに引数なしのWaitForExitを呼ぶ必要がある．

if (WaitForExit(1000)) {
    WaitForExit();
} else {
    // timeout
}